A népvándorlás során a 6. századtól az avarok uralma alá került a terület. Kelet felől szláv népcsoportok érkeztek, elsőként az antok, majd más szláv népek, majd a bolgárok, akik a 8. században megszerezték az avaroktól Erdély birtokát.

A magyarok, 895-ös honfoglalásukkor – a koraközépkori krónikások és a legutóbbi bodrog-alsóbűi (Temető-dűlő) régészeti felfedezések szerint –, a Kárpát-medencében már találtak egy magyar nyelvet beszélő népet. Talán ők voltak a székelyek, akik ma Erdély keleti részén élnek.

Erdély magyar elfoglalása során Anonymus szerint Töhötöm vezér átkelt a Meszes hágóin, legyőzte az itteni kenézeket és a vajdákat, és birtokba vette a tartományt. A történészek nem fogadják el Anonymus álláspontát, azonban pontos tudosításunk nincs az erdélyi hódítás lezajlásáról. Tényként kezelik azonban azt, hogy István király Gyula legyőzése után Erdélyre is kiterjesztette a nyugati egyház szervezetét és a királyság intézményeit.

Erdély 1003-ban a Magyar Királyság részévé vált. Erdély területének nagyobbik része ettől kezdve királyi birtok volt. Az országrészt a király helytartója, az erdélyi vajda irányította. Erdély területe vármegyékre volt osztva, ispánok keze alatt. A székelység földje azonban nem királyi föld volt, tisztségeiket maguk töltötték be, adót nem fizettek, a főhatalomnak csak a határok őrzésével és háború esetén hadba szállással tartoztak. II. Géza 1146 körül telepítette be a Marostól délre fekvő részekre az első szász telepeseket: ők is határőrzők, szabad emberek voltak.

A 13. századtól alakult ki Erdély fő népcsoportjainak történelmi elkülönülése magyarokra, székelyekre, szászokra és románokra. Az utóbbiakat akkor vlachoknak (oláhoknak) nevezték, és a megtelepedésükre vonatkozó első hivatkozások a 13. század elejéről származnak.

Az erdélyi vajda cím valószínűleg a gyulafehérvári ispán címéből alakult ki. A 13. század elején feltűnnek az oklevelekben Fehér, Torda, Küküllő és Hunyad megyék, de ispánjaik nem. Ezeket a megyéket feltehetőleg a gyulafehérvári ispán igazgatta. A vajda cím (amely azonos a későbbi erdélyi fejedelem címével) először 1111-ben tűnik fel Mercurius princeps Ultrasilvanus alakban. Makkai László szerint ez kapcsolatba hozható egy 1097-es oklevéllel, melyben Vincurius comes Bellegratae szerepel. „A vajda és a gyulafehérvári ispán egyszerre, mint két külön személy nem fordulnak elő, a két tisztség azonossága tehát ebben is igazolást nyer.” Az erdélyi vajda a 13. századig Délerdélyt kormányozta, hatásköre csak e század végére terjedt ki a teljes földrajzi Erdélyre, az Anjou-korban már jóval túlterjed Erdély földrajzi határain. Laczkfi Dénes vajda hatásköre 1366-ban túlnyúlt a Tiszán, északon Zemplénig terjedt.

Az első közigazgatási elkülönülés a későbbi IV. Béla erdélyi dukátusa volt, de ez nem tartott sokáig. Erdély valójában csak földrajzi egység, semmi másban nem különbözik a királyság többi részétől, mint hogy egy személy, nevezetesen a vajda irányítja. „… (A 15. században) a politikai küzdelmek teljesen lekötötték a tisztségviselő arisztokrácia figyelmét és tevékenységét, hivatalaikat már nem személyesen látták el, hanem familiárisaikra bízták (…) Erdélyben Stiboriczi Stibor vajda (…) 1395 és 1401, majd 1409 és 1414 között még megjelent időnként a vajdai teendők intézésére, utódjai azonban, Csáky Miklós és László (1415-1426, illetőleg 1427-1437) több mint két évtizeden keresztül feléje sem néztek Erdélynek, helyettük alvajdájuk, Váraskeszi Lépes Lóránd kormányzott (…) A tartomány politikai vezetését már azért sem tudta kezében tartani, mert mint alvajda nem rendelkezett a vajdáéhoz mérhető tekintéllyel.”

Ennek alapján Erdély azzal indult el az elkülönülés útján, hogy az egyszemélyi közigazgatás erélye hanyatlott le. Hozzátehető azonban, hogy az egyszemélyi irányítás egyik állandó problémája az irányító személye és a hozzá kapcsolódó slepp: éppen Lépes Lóránd testvére, Lépes György püspök visszaélései és Csáky László vajda 1437-es, kompromisszumot nem ismerő hozzáállása vezetett végül a bábolnai felkeléshez. (Később ismét egy Csáky, Miklós püspök az egyik első áldozata az 1514-es parasztháború bosszúinak.)

Az ország többi részétől csak az 1437-es Budai Nagy Antal-féle felkelés után kezdett különbözni. Míg a korábbi, többszöri lázadások (1366, 1380, 1382, 1400, 1408, 1417, 1430, 1433, 1434, 1435) sikertelenek és szervezetlenek maradtak, az 1437-es eredményes harcai az erdélyi nemességet lépésekre késztették. A kolozsmonostori konvent kedvezményei csak Erdélyre vonatkoztak, a kápolnai közgyűlésen létrejött három (rendi) nemzet szövetsége (unio trium natiorum) csak az erdélyi nemzetekre vonatkoztak (magyar, székely és szász). Az unio 1467-ben már szeparatista jellegű politikát folytatott, ekkor Szentgyörgyi János vajdának felajánlották Erdély független, hercegi koronáját.

1526-ban a törökökkel vívott mohácsi csata után a Magyar Királyság szétesett. Ezután Erdély névleges török fennhatóság alatt, de gyakorlatilag önálló államként létezett.