Az Erdélyi Fejedelemség a mohácsi csatavesztést követő kettős királyválasztás következményeként jött létre. Az Oszmán Birodalom által támogatott keleti magyar királyságból alakult ki, amikor II. (Szapolyai) János lemondott a királyi címről, így ő lett az első erdélyi fejedelem János Zsigmond néven. Ő volt az, aki az 1568-as tordai országgyűlésen a világon elsőként törvényben rögzítette a lelkiismereti és vallásszabadságot a négy hivatalos felekezet (katolikus, lutheránus, református, unitárius) számára. A román ortodox egyházat hivatalosan nem ismerték el, mivel addig a felemelkedő románok a magyar nemességbe olvadtak be, a románság egésze pedig ekkor még nem alakított ki önálló nemzeti mozgalmat, nem fogalmazta meg követeléseit. Az erdélyi magyar fejedelmek többségükben a református (kálvinista) vallás hívei voltak. A reformáció óriási hatást gyakorolt a magyar tudomány és a magyar nyelvű irodalom fejlődésére.

Az Erdélyi Fejedelemség a történelmi Erdély területén kívül a volt Magyar Királyság más területeit is birtokolta. Ezt a széles területsávot nevezték latin szóval Partiumnak (magyarul „Részek”). A János Zsigmond és a Habsburgok között 1570-ben létrejött speyeri szerződés értelmében ide tartozott a teljes Máramaros, Bihar, Zaránd, Közép-Szolnok és Kraszna vármegye, majd később Arad, Temes és Szörény vármegyék területe is a Partium része lett.

Az Erdélyi Fejedelemség fennállása jelentős részében az Oszmán Birodalom vazallusa volt. Uralkodóit az erdélyi országgyűlés választotta, de hatalmi jelvényeit eredetileg a szultántól kapta, évi adó fizetésére volt köteles, valamint kül- és hadügyeiben is a szultánnak volt alávetve. Az Oszmán Birodalomtól való függetlenséget csak a legerősebb fejedelmek alatt sikerült biztosítani.

A román történetírás nagy jelentőséget tulajdonít annak a ténynek, hogy 1599. november 1. és 1601. augusztus 5. között Erdélyt rövid időre meghódította Vitéz Mihály havasalföldi vajda. Azonban Erdély az ő uralma alatt is különálló marad. (Mihály vajdát Basta György osztrák tábornok emberei gyilkolták meg Miriszlónál.)

A 17. század első fele az Erdélyi Fejedelemség virágkora volt. Bethlen Gábor fejedelem gyulafehérvári udvarában a tudományok és művészetek bőkezű támogatásra találtak. Bethlen Gábor a protestáns uralkodók oldalán sikeresen avatkozott be a harmincéves háborúba, aminek következtében az Erdélyi Fejedelemség nagyhatalmi rangra emelkedett Európában. A két nagy erdélyi főúri család, a Báthoriak és a Rákócziak több kemelkedő erdélyi fejedelmet is adtak.

Vasile Lupu, Moldva uralkodója (1634-1653) hangsúlyozni kívánva az erdélyi románok nagy számát, 1650-ben azt írta a török Portának, hogy Erdély lakosságának egyharmada román. Vasile Lupu a gyulafehérvári ortodox mitropolitával, Erdély meghódításáról szőtt terveket, de végül is nem vágott bele ebbe a kalandba.

Az 1699-ben kötött osztrák-török karlócai béke értelmében Erdély Habsburg kormányzás alá került.