1704-ben az erdélyi országgyűlés II. Rákóczi Ferenc személyében ismét fejedelmet választott. A Rákóczi-szabadságharc bukása után állandósult a Habsburg uralom. Erdély megőrizte területi különállását, az erdélyi magyar nemesség jelentős autonómiát élvezett.

A 18. században Erdélyből sok magyar paraszt vándorolt ki az Alföldre, emellett románok érkeztek (főleg 1740–1760 között) a Kárpátokon túlról.

„Az Erdélybe való bevándorlók legnagyobb részét a Havasalföldről és Moldvából érkezők adják, kisebb (legnagyobbrészt visszavándorlás) a Magyarországból (az ekkor külön kormányzat alatt lévő Bánságot is ideértve) Erdélybe irányuló bevándorlás. A két román fejedelemségből való beáramlás sok évtizedes vitakérdésében a bevándorlás egészének méreteit tekintve a becsléseknél tartunk. Jancsó Benedek félmilliós román bevándorlást feltételezett (Magyarországra és Erdélybe együttvéve), Dávid Zoltán (szintén mindkét országra) 350–400 ezres számot tart valószínűnek. Anélkül, hogy most a becslések értékelésével foglalkoznánk, jelezzük röviden azt, amit a történetírás a bevándorlás okairól megállapított: a fanarióta-uralommal súlyosabbá válnak a havasalföldi–moldvai román paraszt terhei, s Erdélyben nagyobb biztonságot, fejlettebb civilizációs feltételeket remél.

A Habsburg uralom kezdetén a volt Partium teljes területét visszacsatolták Magyarországhoz, 1733-ban azonban III. Károly király Kraszna, Közép-Szolnok és Zaránd vármegyéket ismét Erdély részévé tette.

1764. január 7-én Buccow osztrák tábornok az erőszakos sorozás ellen tiltakozó székelyek közé lövetett. Száznál is többen meghaltak, és az üldöztetés elől több ezren Moldvába, a csángók közé vándoroltak.