Az országnak nyilván új uralkodó kellett a meghalt II. Lajos helyett. Az uralkodói legitimitást három módon lehetett megszerezni, amelyből az első, legfontosabb (successio) nyilván nem teljesülhetett, mivel Lajos gyermektelen volt. A denominatio, azaz kijelölés elve szerint Ferdinánd tarthatott igényt a magyar trónra, mivel a Jagello-Habsburg dinasztikus szerződések őt tették meg Lajos örökösévé. A magyar köznemesség egyáltalán nem támogatta a Habsburg-ház behívását – hivatkozva a törvényerőre nem emelkedő rákosi végzésre –, a főnemesség Habsburg-párti ága pedig gyakorlatilag kihalt. A rendek kihasználva az alkalmat, királyt akartak választani, gyakorolni az Aranybullákban rájuk testált electio jogát. Szapolyai János erdélyi vajda „lemaradt” Mohácsról, így ő rendelkezett az aktuálisan legszámottevőbb haderővel az országban, de egyébként is ő volt a köznemesség egyetlen jelöltje. Már november 1-jén bevonult a törökök által gazdátlanul hagyott budai várba. Eltemettette Lajost – legalábbis akire ráfogták, hogy Lajos, hiszen temetni kellett a koronázáshoz – majd Székesfehérvár felé vette útját.

A mohácsi csatát nem sokkal követően tokajban gyűltek össze a rendek, és döntés született az országgyűlés összehívásáról. A gyűlés elnöke Szapolyai, és nem volt jelen Báthori István nádor. Szapolyai hatáskör nélkül hívott össze országgyűlést Székesfehérvárra, mivel sem király, sem nádor nem volt, „csak” erdélyi vajda. Az országgyűlést viszont ez a két említett méltóság hívhatta volna össze. „… a magyar törvények szerint ugyanis a király halála esetén csak a nádor hívhatott össze királyválasztó országgyűlést.” November 10-én az országgyűlés királlyá választotta Szapolyait, majd 11-én megkoronázták. A koronázást Podmaniczky István nyitrai püspök, mint rangidős főpap végezte. Szapolyai királysága látszólag rendben van: egyetlen súlyos legitimitási problémája, hogy az országgyűlés maga volt törvénytelen, ezért ő – dacára az országgyűlési határozatnak, a Korona birtoklásának és a rangidős pap koronázásának – illegitim uralkodó. Ezt csak egy szabályosan, Báthori István nádor által összehívott országgyűlésen lehetett volna korrigálni.

A Báthori nádor által decemberben összehívott pozsonyi országgyűlésen azonban Szapolyai nem jelent meg, ahogy a rendek – főleg a középnemesség – sem. A városban tartózkodott az özvegy királyné, Habsburg Mária. A kisszámú főnemes Ferdinándot, Mária bátyját választotta magyar királynak. Az országgyűlés új törvényt hozott, melyben a királyválasztás jogát törvényesítették. Ferdinánd királyságának legitimációjához is hiányzott egy momentum – a Korona, amely Szapolyainál volt. Ferdinánd azonban nem egy törvényes uralkodó ellenében lett ellenkirály, mert ilyen nem volt. 1526. decemberétől az országnak két illegitim uralkodója volt!

Szapolyai kormányzása: királyi tanács nádor nélkül. Példátlan, hogy egy magyar királynak ne legyen nádora, talán arra vezethető vissza, hogy új nádor kinevezése nyílt szakítást jelentett volna Báthori nádorral. Uralkodását birtokadományozásokkal kezdte. 1527. évi budai országgyűlés – vagyondézsma, általános adókötelezettség. A terhek kivetése a török fenyegetés miatt történt, de sosem szedték be. 1527 tavaszán Szapolyai és Ferdinánd az olmützi szerződésben kölcsönösen elismerték az egymás uralma alatt álló területeket, de a megállapodás értelmében Szapolyai területei annak halála után Ferdinándra szálltak volna. Szapolyai házasságot tervezett Habsburg Máriával, melynek révén Habsburg rokonságba kerülne, és még közelebb lenne az önálló, igazi királysághoz.