1527. május 6-án V. Károly hadserege elfoglalta és kifosztotta Rómát (Sacco di Roma), ami a VII. Kelemen által létrehozott cognaci liga vereségét és a Habsburgok viszonylagos presztízsnövekedését jelentette. A ligának nem sikerült a Német-Római Birodalmat elszigetelni és többfrontos háborúra késztetni. Még két évig fennállt ugyan a szövetség, de érdemi beavatkozásra többé nem volt képes. Szapolyai 1527. július 2-án csatlakozott a már nyilvánvalóan megvert cognaci ligához, és ezzel természetesen kénytelen egyfajta török orientációt is felvenni, közben letenni Habsburgokkal kapcsolatos bármely tervéről.

1527. júliusában – nyilvánvalóan János király külpolitikai akciója nyomán – német birodalmi sereg hadjárata indult Magyarországon. Budát augusztusban elfoglalta V. Károly. Eközben „Szapolyai János magatehetetlen bénultságában trónolt a budai várban (…) Buda várában és városában hallgatag elmével csodálkoztak János királyon, hogy tőle semmi megmozdulást nem lát a néptömeg (…) A székvárosát és országát nem védelmező király” augusztus 15-én tényleges ostrom nélkül menekült el Budáról, egészen Tokajig hátrált. Itt vereséget szenvedett 4300 gyalogos (3000 landsknecht és 1300 könnyűgyalogos) és 1000 lovas némettől szeptember 27-én. Debrecenbe, majd Erdélybe menekült, később Lengyelországba, miután a brassói népgyűlés és a marosvásárhelyi gyűlés is Ferdinánd mellett voksolt.

Az olmützi szerződés és a magyarországi német hadjárat alatt tanúsított viselkedése miatt Szapolyai János tekintélye összeomlott, még Perényi Péter koronaőr, a Szapolyai által kinevezett erdélyi vajda (1526–29) is elhagyta, aki magával vitte Ferdinándhoz a Koronát. 1527. októberében már Ferdinánd tartott Budán országgyűlést, ahol kimondták Szapolyai alkalmatlanságát, rendeleteit eltörölték, majd november 3-án, mivel a Habsburg már teljes mértékben eleget tett minden feltételnek, amely számára a királysághoz kellett, megkoronázták. Ettől fogva az országnak egy legitim (Ferdinánd) és egy illegitim (János) királya volt.

Bethlen Elek és Apafi Miklós szintén távoztak Szapolyai táborából. A hívek nem az általában emlegetett ok miatt hagyták el Szapolyait – miszerint Ferdinánd nagyobb lehetőségekkel bírt a törökellenes küzdelmekhez –, hanem azért, mert belátták János király politikusi alkalmatlanságát, illetve elismerték a Habsburgot jogos uralkodónak. Már csak azért is, mert a törökök kivonultak az országból, a Szerémségen kívül más magyar területet nem birtokoltak, és nem is tűntek komoly ellenfélnek. Ez időben nem a török veszedelem volt a főúri pártok legfőbb gondja, hanem a trón körüli viszályok és a polgárháború. Szapolyai kezén gyakorlatilag csak Fogaras vára maradt, melyet a következő tavaszig Tomori Miklós védett.

„Az adott politikai helyzetben, amikor egyik kínálkozó párt sem ígérhetett orvoslást az ország súlyos betegségére, a megbízhatatlanság, a kétkulacsosság aligha mondható meglepőnek. Jól tükrözi a kilátástalanság érzésének általánosulását a két tábor ideológiájának kialakulatlansága…”Az ország legsúlyosabb betegsége azonban ezidőtájt nem a török volt, a gyógyítás módja pedig az lett volna, ha egyetlen legitim uralkodója van az országnak. A két uralkodó és a török veszély nem maga a betegség, hanem annak csak a tünete: a kór a főnemesség és a középnemesség teljes egyet nem értése. A „kialakulatlanság” magát Szapolyait is jellemzi, aki ekkor, I. Ferenc tanácsára kezdett Szulejmánnal tárgyalni.

A francia uralkodónak nem voltak aggályai e kérdésben, hiszen egyrészt korábban is kvázi-szövetségesi viszonyban volt Szulejmánnal, másrészt pedig Franciaországot Magyarország és a Német-római Birodalom is elválasztotta az Oszmán Birodalomtól. Szulejmán természetesen kapott az alkalmon, hogy saját határvidékén tovább szíthatja a polgárháborús helyzetet és támogathat egy ellenkirályt, ezért 1528. január 27-én nyélbe ütötték az isztambuli szerződést, mely tartalma szerint véd- és dacszövetség. Szapolyai 1528-as hadjáratai a polgárháború eszkalációját jelentik: tavasszal vereség (március 8. Szina), ősszel sárospataki győzelem. A két időpont között Szapolyai támogatottsága alapvetően megváltozott, melyet alkalmasint Katzianer zsoldosvezér csapatainak erdélyi dúlása okozott. Az erdélyi szászok és magyarok külön is egymásnak estek, pártállástól függetlenül, etnikai alapon. „A gyűlölködés kölcsönös volt, a szászok »magyar farkasokat«, a magyarok »germán bestiákat« emlegettek.”

Szapolyai a városi polgárságot, a mezővárosok parasztpolgárait és a jobbágyokat igyekezett megnyerni magának, bár az 1514-ben megszüntetett szabad költözködési jogot csak 1536-ban állította helyre. „A cívisek valóban kivívott rokonszenve s nyilván igénybe vett anyagi támogatása azonban nem helyettesíthette az elveszett hatalmi eszközöket. János király országrészében leplezetlenül visszatért a nagybirtok Mohács előtt már oly sok bajt okozó uralma. Török Bálint Veszprémben és Somogyban, Perényi Péter Baranyában és Zemplénben, Czibak Imre míg élt (1534-ig) Biharban, Werbőczy István Tolnában és Nógrádban, Maylád vajda (1534-40) Fogarasban és környékén, Petrovics Péter Temesben, a Kosztkák, Podmaniczkyak, Bebekek, Ráskayak más földeken uralkodtak, a király nevében, de jobbára saját tetszésük szerint.” A jobbágyok és a parasztpolgárok viszont még nem felejtették el Szapolyai 1514-es tevékenységét.

1529. május 10-től török hadjárat indult. E török hadjárat hatására Rares Péter moldvai vajda – aki eddig Ferdinánd híveként dúlta Erdélyt – Szapolyai mellé állt. A Török Bálint temesi ispán vezetésével megérkező német haderőt június 22-én súlyos vereség érte a barcasági Földvárnál, melynek hatására a beérkező Szapolyai-haddal – melyet Báthori István és Kun Kocsárd vezetett – már fel sem vették a harcot, hanem ütközet nélkül feloszlottak. Szapolyai ekkor adományozta Rares Péternek Beszterce vidékét. Rares Beszterce ellen vonult, mert azok vonakodtak neki alávetni magukat, s egészen 1530. júliusáig kitartottak ellene, amikor Rares feladta az ostromot.

1529. augusztus 18-án esett meg a „mohácsi kézcsók”, ettől kezdve Szapolyai törökvazallus-királyságáról lehet beszélni. Előzményeképp az augusztus 3-i cambrai béke említendő, amelyet I. Ferenc és V. Károly kötött. Ezzel a cognaci liga megszűnt, a Német-római Birodalom déli és nyugati határai biztosítva voltak. Ennek ellenére az 1529-1536 közötti időszakra az jellemző, hogy Ferdinánd az erdélyi híveinek semmilyen formában nem nyújtott segítséget, azok kizárólag saját erejükből álltak ellen Jánosnak. A közvetlen török fenyegetés egyre több főurat késztetett Ferdinánd elhagyására, utolsóként a nagybirtokosok közül Majláth István 1532 elején pártolt át Szapolyaihoz.

1529. szeptember 8-án Szapolyai újra elfoglalta Budát, és a Korona is visszakerült hozzá. Az ostrom gyors befejezéséhez nagy mértékben hozzájárult a zsoldosok pánikja, akik elfogadták a török által hirdetett fegyverletételi ajánlatot. A Nádasdy Tamás által irányított védelem a mindössze 900 főnyi védősereg ellenére – egészen addig – jól működött. Szeptember 22-én a török sereg már Bécset ostromolta, egészen október 15-ig, amikor a hadászati szezon végével a hadjáratnak is véget kellett vetni. Eközben Budán maradt Aloisio (Lodovico) Gritti – Ibráhim nagyvezír bizalmasa – és 3000 (vagy 8000) janicsár. December 21-én VII. Kelemen kiátkozta Szapolyait török kapcsolatai miatt. Ekkor már nem számított, hogy a cognaci ligában maga a pápa is kvázi-szövetségese volt Szulejmánnak.

1530. május 8-án Báthori István hívására Pozsonyban országgyűlés jött össze, ám a nádor azonban aznap meghalt, új nádort nem nevezett ki senki, az országgyűlés érdemi tevékenység nélkül feloszlott.

1530 őszén német hadjárat indult Szapolyai ellen. Október 31-től december 20-ig Budát ostromolták, eredmény nélkül. 1530 decemberétől Ferdinánd V. Károly társuralkodója lett, vagyis német király. Ennek a lépésnek oka az, hogy megalakult a schmalkaldeni szövetség V. Károly ellen a protestáns fejedelmek között. Erre válaszul karácsonykor Szapolyai Grittit nevezte ki kormányzóvá. 1531. január 21-én Ferdinánd és Szapolyai fegyverszünetet kötött.

Buda ostromának bosszúhadjáratát Szulejmán 1532-ben vezette. Az előrenyomulás Kőszeg alatt megakadt, kérdés azonban, hogy a Jurisics Miklós vezette 800 katona volt-e az oka, vagy a Bécs alatt összegyűlt birodalmi hadsereg, amely számosságát tekintve messze meghaladta a Bécs védelméhez elengedhetetlenül szükséges erőt.

1532. december 30-án Ferdinánd és Szapolyai újra fegyverszünetet kötött. A török-perzsa háborúkkal lefoglalt Szulejmán is békét kötött Ferdinánddal 1533. június 22-én. A béke két fő aktusa: 1. Szulejmán gyermekeivé fogadja Ferdinándot és Máriát, 2. kimondja, hogy Ferdinánd jogosan birtokolja az általa ellenőrzött területeket. Ezeket Grittinek kell kijelölni. Gritti viszont átállt Ferdinándhoz, majd 1534. szeptember 29-én Medgyesen meggyilkolták. Az ellene kitört lázadásnak Czibak Imre váradi püspök meggyilkolása volt a közvetlen indoka, azonban köpönyegforgatása és a sokak által felemlegetett kivagyisága és gőgös pöffeszkedése is nagy szerepet játszott ebben.

Gritti haddal vonult Erdélybe, ahol Patócsy Ferenc népfelkelést hirdetett ellene. A felkelő sereg élére Kun Kocsárd állt, melyhez csatlakozott a Gritti által segítségül hívott, de átpártoló Rares Péter vajda. Szapolyai a maga állította csapdába beleesett: Gritti a töröknek volt szívügye, országának viszont Czibak. A legegyszerűbb megoldást választotta: egyik oldalon sem avatkozott be, amely viszont mindkét fél elégedetlenségét okozta.

A Porta vizsgálatát Junisz bég vezette, aki Szapolyai bűnösségét állapította meg. János király másfél évig ingó trónon ült, mindenki arra számított, hogy kiesett Szulejmán kegyeiből. Végül 1536. március 15-e – amikor Szulejmán vezírje, és Gritti tulajdonképpeni főnöke Ibráhim kegyvesztett lett – megmentette. Ezidő alatt Szapolyai V. Károlynál már a saját lemondásáról tárgyalt, és a lemondásra már 1536. januárjában került sor. Ez a nápolyi egyezmény, melyben Szapolyai hajlandó lemondani a trónról három feltétellel. 1. A királyi cím megőrzése. 2. Kárpótlás a királyi területeken fekvő családi birtokai után. 3. Habsburg hercegnővel kötendő házassága.

Czibak Imre Gritti általi lemészárlása megnyitotta az utat egy másik kalandor felemelkedése és politikai karrierje előtt. Ez György „barát” volt, aki megörökölte a váradi püspöki széket. Utyeszen(ov)ics György, akit Martinuzzinak is neveznek, de legtöbbször Fráter Györgyként emlegetik, az elkövetkező időszak legfontosabb, legbefolyásosabb politikusává nőtte ki magát, és kifejezetten történelemformáló erő lett.

1534. decemberében III. Pál feloldotta Szapolyai kiátkozását a török elleni nemzetközi összefogás jegyében. Szapolyai ekkor lazítani igyekezett a török függőségen, és egyben a selyemzsinórt is szerette volna elkerülni, ezért hajlandó volt némi törökellenes szervezkedésre. 1535 őszén a régóta ostromolt Szeben is a fennhatósága alá került, így Erdélyben hegemónná vált. 1536-38-ban azonban az újabb francia–német háború megint megváltoztatta a Habsburg-helyzetet. A nápolyi egyezmény emiatt nem válhatott valóra, mivel V. Károly már nem tehette meg, hogy haderőt von el a nyugati hadszíntérről Magyarország megszállása miatt. Szulejmán és Szapolyai kapcsolatai rendeződtek 1536 folyamán Ibráhim márciusi kegyvesztése együtt járt a Gritti-ügy ejtésével.

Szulejmán újabb hadjárata menetrendszerűen érkezett a következő évben. 1537-ben a felvidéki német hadjárat Tokajnál elakadt, majd október 9-én a garai csata török győzelemmel ért véget. Katzianer negyvenezer fős serege alulmaradt a szendrői és boszniai bégek seregével szemben. Jelentős vereség volt, ami egy időre meghatározta Ferdinánd mozgásterét. Mindezek mellett le kell szögezni a tényt: a törökkel lepaktáló János király mellett Ferdinánd volt a török-ellenes háború egyetlen letéteményese, de egyszerre a polgárháborút és a török harcokat nem bírta, nem bírhatta. Azt vetették a szemére, hogy nem harcol a törökkel, miközben minden törökellenes akciójában magyar csapatok akadályozták, osztották meg erőit és gyengítették pozícióit.

1537 végére mindkét fél támogató nélkül maradt. 1538. február 24-én titkos megállapodást kötöttek (váradi egyezmény), amelynek lényege az „egy ország, két király” állapotának mindkét fél általi elismerése. Ezt a megállapodást már Fráter György hozta tető alá. A két fél kölcsönösen elismeri egymást királynak, ám az ország egységét minden körülmények között fenntartják. Az ország jövőbeni sorsára vonatkozóan: 1. a Korona Szapolyai halála után Ferdinándra száll (még akkor is, ha Szapolyainak fiúgyermeke születik), 2. a trón csak V. Károly és Ferdinánd örököseinek gyermektelensége esetén kerülhet vissza Szapolyai utódaihoz. Az egyezményt 1538. november 22-én, Toledóban V. Károly ratifikálta.

„Ebbe a békekötésbe mindkét tábor kizárólag azért egyezett bele, mert az konkrét ígéretet tett az ország egyesítésére. Csak igen kevesen voltak, akik gyanakodni mertek, őszinte volt-e I. János a váradi béke aláírásakor? Van-e értéke egy olyan megállapodásnak, melyben az egyik fél olyan országot kínál fel a másiknak, mellyel nem rendelkezik szabadon: a másik pedig nem létező hercegséget kínál föl érte cserébe?”

Ferdinánd 1540-ben (október 21-től) újra próbálkozott Buda vívásával, de Leonhard Vels serege novemberben dolgavégezetlenül távozott. „Buda védelmét Török Bálint, a csecsemőkirály gyámja s a magyar hadak főparancsnoka szervezi. Jól összeválogatott 4 ezernyi hadinépe van: ezer-ezer magyar és rác lovas, valamint kétezer gyalogos.” A hadjárat eredménye német részről Esztergom, Visegrád, Vác és Pest városok elfoglalása volt.

Szapolyai Habsburg-házasságának reménye megszűnt a váradi egyezménnyel. Feleségül kérte Öreg Zsigmond lengyel király leányát, a nála 32 évvel fiatalabb, éppen húsz éves Izabellát. Az esküvő 1539. március 2-án vagy január 31-én volt. 1540. július 7-én megszületett Szapolyai István. Szapolyai 10 (vagy 14) nap múlva meghalt, a gyerek gyámjai Török Bálint, Petrovics Péter és Fráter György lettek.